上海美术馆现设有学术部、教育部、展览部及双年展办公室等部门，在收藏委员会、艺术委员会的指导下，负责各个专业范围内的业务工作和研究，同时设有办公室、总务部、人事部、财务部、发展部等部门，负责行政事务的日常运作与管理。
学术部
负责馆内艺术品收藏、保管、陈列、研究、出版、交流等工作。开展馆藏征集，画库管理；编辑出版《馆刊》以及画册、年鉴，印制请柬等印刷品；了解美术动态，掌握学术信息，关注创作动向，确定研究课题，开展学术研讨；负责陈列展、邀请展、交流展、特别展以及双年展的策划、筹备工作。
展览部
统筹馆内展览业务。负责展览业务的洽谈、布展设计、以及其它服务工作，科学安排日期，合理调控场地；制定展览计划，把握各类展览的比例；进行相关的新闻发布、开幕式安排、请柬发放、展览预告等工作。
教育部
负责美术普及教育、宣传推广工作、图书资料、艺术档案及计算机管理工作。进行中外美术知识普及，举办艺术讲座，开办美术工作坊，发展"美术馆之友"；收集整理美术资料和展览资料，建立艺术档案，建立中外近现代美术，特别是上海20世纪美术文献视听资料库；掌握展览动态，收集相关资料，进行推广策划，及时向媒体提供宣传信息；掌握全馆楼宇、办公、信息自动化控制系统，以及计算机网络管理系统，完善导览系统。
总务部
负责馆的设备维修、采购、保管、卫生、绿化等物业管理工作。对全馆通用设备和设施进行管理，完成设备和设施的安装、维修、保养任务；做好环境美化、绿化、卫生工作，管理展厅服务员队伍。
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